lightning-pro バグ?

ライトニングプロ のテーマを購入し導入した。(一ツ星)

以前にも、このテーマを利用中、あれ??と思うこともあったが、公開に至らなかったサイト(フリーキラ)のため、特に追求せずにいた。

が、今回は一ツ星学院のサイトなので、念入りに試したところ

子テーマに、functions.php fotter.php を設置し、スクリプトを記入したところ、動きがおかしくなる。
例 ヘッダーメニュー固定 の指定をすると、少しずれる(メニューの上に50pxほどの隙間ができる)
  カスタマイズの際、位置を指定しての「編集のペンマーク」が表示されない
  プレビュー時(もしくはサイト表示時)に、ログインしているが、画面上部の黒帯アドミンメニューが消えてしまう。
   (非常に使いずらくなる)
  ヘッダー部、フッター部 の表示がおかしくなる(詳細は忘れた) etc…

子テーマを外し、デフォルトテーマで使用すると、上記不具合が全て解消される。
(デフォルトテーマのphpファイルはデフォルトのまま使用してみただけなので、私が書いたスクリプトに原因があるかまでは未調査。)
⇨ 子テーマの、phpスクリプトを削除(空のfunctions.php と fotter.php)にしたが、状況は変わらない。
⇨ 子テーマの、functions.php と fotter.php を削除したところ、上記不具合が解消。
style.css は、存在していても問題なし。

ということになった。
今回は、とりあえず両phpファイルを使わずに作成することにした(できた)が、場合によっては、関数の追加や、フッターの固定メニューなど、使用しないとならない時にはどーしたら良いのだろう? 

たまたま、今回の環境でしか起こらないのだろうか?
そういえば、フリーキラ製作中にも同様の現象がおきており、その時もロリポップサーバーで、phpは「7.3モジュール版」だった気がする。